此后东旸自称总兵，以拜为谋主，以承恩、许朝为左右副总兵，土文秀、哱云为左右参将，占据宁夏镇，刑牲而盟。出兵连下中卫、广武、玉泉营、灵州（今宁夏灵武）等城，惟平虏坚守不下。叛军又以许花马池一带听其住牧为诱饵，得套部蒙古首领著力兔等相助，势力越加强大，全陕震动。
三月四日，副总兵李昫奉总督魏学曾檄，摄总兵事进剿，但叛军恃套部蒙古支持，势甚强。此后，明朝特调副麻贵驰援，贵率苍头军在攻城同时，阻击套部蒙古，斩获甚多。
四月，又调李如松为宁夏总兵，以浙江道御史梅国桢监军，统辽东、宣、大、山西兵及浙兵、苗兵等进行围剿。
七月，麻贵等捣毁套部大营，追奔至贺兰山，将其尽逐出塞。各路援军在代学曾为总督的叶梦熊的统帅下，将宁夏城团团包围，并决水灌城。叛军失去外援，城内弹尽粮绝，同时内部发生火并。
九月十六日刘东旸杀土文秀，承恩杀许朝，后周国柱又杀刘东旸。军心涣散。李如松攻破大城后又围哱拜家，拜阖门自尽，承恩等被擒，至此，哱拜之乱全部平息。
万历三大征之：播州之役
播州位于四川、贵州、湖北间，山川险要，广袤千里。自唐杨端之后，杨氏世代统治此地，接受中央皇朝任命。
明初，杨铿内附，明任命其为播州宣慰司使。万历初，杨应龙为播州宣慰司使，骄横跋扈，作恶多端，并于万历十七年公开作乱。明廷对杨应龙之乱举棋不定，未采取有力对策。因此应龙本人一面向明朝佯称出人出钱以抵罪赎罪，一面又引苗兵攻入四川、贵州、湖广的数十个屯堡与城镇，搜戮居民，奸淫掳掠。
二十六年，四川巡抚谭希思于綦江、合江（今四川泸州东）设防。次年，贵州巡抚江东之令都司杨国柱率军三千进剿，失利，杨国柱被杀。明廷罢江东之，以郭子章代之。又起用前都御史李化龙兼兵部侍郎，节制川、湖、贵三省兵事，并调刘綎及麻贵、陈璘、董一元等南征。
二十八年，征兵大集，二月，在总督李化龙指挥下，明军分兵八路进发，每路约三万人。刘綎进兵綦江，连破楠木山、羊简台、三峒天险。又败应龙之子朝栋所统苗军。巾帼英雄秦良玉与其丈夫马千乘亦率兵攻下金筑等七寨，并偕同酉阳等土司军一起攻下桑木关为南川路战功第一。其他几路明军也取得胜利。三月底，刘綎攻占娄山关，四月，杨应龙率诸苗决死战，又败。綎进占杨应龙所依天险之地龙爪、海云，至海龙囤（今遵义西北），与诸路军合围之。六月，刘綎又破大城。应龙知大势已去，与二妾自缢，子朝栋等被执，明军入城，播州平。后分其地为遵义、平越二府，分属四川、贵州。
