多尔衮颁颁布"留发不留头"的严厉剃头令后，不仅遭到了传统知识分子的抵制，也激怒了下层民众。剃发对当时的汉人而言，心理上是难以承受的。"身体发肤授之父母，不可损伤"，这是千年以来的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也是一种侮辱。于是，本已逐渐平静的江南又骚动起来了。
七月初一，嘉定当地的平民百姓集合了十几万人，举旗反对剃发。原先反明投清的叛将李成栋被派往镇压。一开战，李以骑兵冲击，乡兵即四散奔走，自相践踏，被打得落花流水，大败而回。初四嘉定城破，李成栋下令屠城，放部下大肆劫掠屠戮，大屠杀持续了一日，约三万人遇害，嘉定城内"浮尸满河，舟行无下篙处"。
杀戮的恐怖并未吓倒民众。李成栋一走，四散逃亡的民众又再度聚集，一位名叫朱瑛的反清义士率五十人进城，纠集民众，又一次控制了嘉定。李成栋遣部将徐元吉镇压，因嘉定居民闻风逃亡，这一次的目标主要是城郊，"数十里内，草木尽毁。积尸成丘，民间炊烟断绝。"此为嘉定第二屠。
抵抗的余波还在继续。八月二十六日，绿营把总吴之藩造反，但很快就被覆平，李成栋恼怒，嘉定也再遭浩劫，连平息吴的造反外带屠戮平民，嘉定城内外又有两万多人被杀。这是嘉定第三屠。
经过嘉定三屠，野蛮的血腥终于压制住了反抗的余波。李成栋因平定江南战绩卓著，被提拔为江南巡抚，不久又调往东南平定南明隆武朝。值得一提的是，当初李成栋降清之后，作为多铎的先头部队，充当过攻打扬州的前驱，"扬州十日"他同样有份儿。后来由于欲望得不到满足，而永历的许诺更有诱惑力，于是又反清而去，终被清军所杀。
