国本之争前后纷争凡十五年之久，在李太后的干预下，明神宗终于在万历二十九年（1601年）让步，立虚龄已二十的皇长子朱常洛为太子，朱常洵为福王、朱常浩为瑞王、朱常润为惠王、朱常瀛为桂王。
万历四十二年（1614年），在朝臣的压力下，福王就藩洛阳。万历四十三年（1615年）五月，梃击案发生，郑贵妃、福王势力无法再对太子构成威胁。
这场万历年间最激烈复杂的国本之争事件，共逼退内阁首辅四人（申时行、王家屏、赵志皋、王锡爵），部级官员十余人、涉及中央及地方官员人数达三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配充军，整治另外“东林党”。
国本之争事件后续
国本之争，演变成皇帝与士绅大臣的势力之争。到万历三十一年（1603年），就因为有谣言说明神宗想要换太子，矛头指向郑皇贵妃，结果皇帝株连逮捕者甚众。
恭妃王氏仍旧寂居幽宫，见不到明神宗，整日以泪洗面，流泪度日，渐渐的双目失明了。万历三十九年（1611），王氏薨逝，大学士叶向高建议厚葬，可是皇帝居然不同意。
而郑贵妃一班人并不死心，朱常洵被封为福王，按道理应该离开京城，到属地洛阳就任。但在郑贵妃的要求下，他却迟迟没有离京，总在伺机寻找机会。太子朱常洛的地位并不稳固，双方明争暗斗，终于爆发明朝立国以来最严重宫廷仇杀事件——梃击案。
国本之争历史评价
明史研究学者黄仁宇在论述万历这一时期的生活和政见时，曾有过独特的见地：万历皇帝对于自己的“私生活”被人干预感到难以忍受，他觉得这如同把金银首饰、玉器古玩赏赐给一个自己喜欢的人，别人无权干涉。
而此时的臣僚对万历皇帝越来越“出格”的作为同样感到困惑：贵为天子，怎好如常人那样感情用事、为所欲为呢？像历朝大臣一样，他们总是把希望寄托在一个好皇帝身上，而最要紧的就是那个“好皇帝”是他们辅佐之人。这样，他们获得赏赐时，不管是官阶或者财物，都会随着皇帝的声望而提高欣赏之物的价值。张
居正改革社会的试验和培养皇帝的努力，虽然以身败名裂而告终，但大臣中仍不乏继续奋斗者，他们尤其不愿看到万历被一个女人“勾引”而误国误民。
