唐贞元五年（西元789年），莆田人正干从六祖慧能处学禅得法回闽，师父临别赠语“遇苦即止”。正干路经黄檗山，见山川灵秀，因悟“黄檗味苦”，便开山结茅，募缘建寺，名“般若堂”。贞元八年（西元792年），又于堂之东向增辟院落，禅寺粗具规模，朝廷赐名为“建福禅寺”，俗称“黄檗寺”。
唐德宗时（西元779-805年），赐额为“万福禅寺”。
寺成数十年，剃度一僧希运。希运后得百丈山怀海禅师衣钵，成就一代名僧。开成年间，希运住持宜丰鹫峰，将鹫峰改名为黄檗山，以纪念福清黄檗山，故此后有“天下两黄檗”之说。苏辙、黄庭坚、王应麟、赵师秀、刘克庄等著名文学家先后来到宜丰黄檗山，并留下了许多诗赞为后世所传诵。后希运弟子义玄创建临济宗。
明中叶，万福寺毁于兵燹。崇祯十年（西元1637年），僧隐元修复，成为三进五殿的大寺，当时著名文人黄道周、张瑞图、范爵等与寺僧来往密切。
崇祯十七年（西元1644年）隐元转住他寺，直到隆武二年（西元1646年）重回黄檗。
永历五年（西元1651年），隐元弟子也懒应邀往日本长崎崇福寺为住持，然船出厦门港不久即遇风浪身亡，乃改邀隐元前往。隐元辞，日方再四相请，终于永历八年（西元1654年）率部分弟子东渡。
隐元在日本受到妙心寺住持龙溪禅师（后成为禅师弟子）及后水尾天皇以及德川幕府的尊崇，宽文元年（西元1661）获赐位于宇治大和田的约30万平方米的寺院用地，仿照黄檗万福寺的式样又筑一佛寺，也叫“黄檗山万福寺”，被视为日本佛教黄檗宗的发祥地。由此，福清黄檗山万福寺蜚声东瀛。
万福寺是明朝代样的禅寺。寺门右侧为放生池，左侧是“万寿院”。寺内山门、天王殿、大雄宝殿和法堂纵列于中轴线上，左右两侧对称地建有东西方丈、齐堂、禅堂、伽蓝殿、视师殿、钟鼓楼等。天王殿正中供弥勒佛坐像，两旁为四大天王。大雄宝殿中供三世佛像、两旁为泥塑雕十八罗汉，造型生动，表情各异。
现有法堂为明代遗存，坐北朝南，面阔五间，进深七柱，全宽21米，深11.7米。柱础系唐代石雕；穿斗式木构架，斗拱、歇山顶，均保留明代建筑风格，1981年公布为县级文物保护单位。
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