该镇是一个以渔业为主的沿海乡镇，盛产大黄鱼、石斑鱼、带鱼、鲍鱼、鳗鱼等30多种鱼类，以及海带、贻贝、扇贝、牡蛎、蟹等海产品。目前，全镇拥有大小生产船只700多艘，其中150马力以上船只329艘，全镇规模以上工业企业5家。从事渔业生产的渔民达7000多人，基本上形成了集海海洋捕捞、海水养殖、海产品加工、船舶修造、商贸、旅游五大户业于一体的经济格局。
数据2014年，全镇生产总产值39.51亿元，比增8%，其中规模以上工业产值达8.13亿元，比增32%，农业总产值24亿元，比增6.17%，财税收入1470万元，比增3%，社会固定投资5.1亿元，比增24.3%，限额以上商品零售额15000万元，增长46.7%，镇区居民人均纯收入11607元，增长13%。
社会改革开放后，两岸停止了军事对峙，经过二十多年的建设，社会各项事业蓬勃发展。目前，黄岐的水、电、交通、通讯、服务等设施齐全，基础设施不断完善，防波堤内建有千吨级码头；建设了国家一级渔港，港内水域面积62万平方米，低潮位时大部分水深3-7米，停靠1000多艘轮船；围海造地7.5万平方米，解决了全镇生产、生活用地问题。
在此基础上，投入亿元资金在围海地块上建起了一座包括住宅和商贸区的“黄岐新城”。同时，先后为镇区周边的六个村铺设了水泥路，实现了村村通水泥路。建成了对台专业码头、加油站等专门设施。2003年10月，经国家农业部批准，在原来黄岐国家一级渔港的基础上建设黄岐国家中心渔港，工程总投资5700多万元，计划在500米防波堤基础上延伸200米，填海造地16万平方米，建设15个码头泊位。目前工程正在建设中。海水养殖和捕捞业一直是黄岐镇的支柱产业，远洋捕捞业、近内海轻型作业、海水养殖业等产业发展良好，目前有海带、牡蛎、贻贝、鲍鱼、石斑鱼等高优品种养殖。
全镇鲍鱼养殖共投入资金达到2.7亿元，形成了集岸上育苗基地、工厂化养殖与海上挂养结合，规模化、产业化的发展模式。该镇充分发挥海产品量多质优优势，大力发展水产品加工、运输业，进一步延伸海洋产业链。水产品加工、船舶修造、海运业已成为我镇经济增长的新亮点。
黄岐镇还是黄岐半岛六个乡镇工业农业品的集散地，客流量大，因此，我镇商业贸易比较发达，仅镇区就有商业网点500多家。同时，随着两岸局势逐步缓和，两岸渔民接触频繁，进而发展民间小额易交往，马祖列岛军民食用的副食品有80%靠黄岐“马祖贩”供应。因此，该镇特别是发挥近马临台的独特对台优势，动员全社会力量，协调各方关系，进一步拓宽对台经贸合作领域。2008年3月份已开通黄岐对台小额贸易点对台进出口双向贸易业务。被福州市列为全市“20个商贸旺镇”之一。
旅游黄岐镇依山面海，面对马祖列岛，素有“海上明珠”之称，是游客旅游观光、度假避暑的理想胜地。“后沙”是该镇天然的海滨浴场，每年夏季许多游客慕名而来，来往不绝。镇区内还有东鼓礁、金沙礁、洋潭岛、招手岩、望乡亭、畚箕山教育基地、妈祖庙等游览胜地和天然景观。同时。站在黄岐镇区，借助望远镜即可饱览马祖岛内景物。黄岐与马祖两岸地缘相近、人缘相亲、语言相同，自古有“里山”与“外山”相称，历史上，两岸同属于连江县管辖，所以我们这里的两岸又是全国唯一的“一县两制”地区。与该镇仅一水之隔的马祖列岛，主要有南竿、北竿、高登3个大岛屿及一些小岛屿组成。岛上有南竿天后宫、北竿桥仔码头、莒光东莒灯塔、东引闽王庙等名胜古迹；遇到好天气，凭着肉眼就能看到岛上交通公路以及来往车辆；借助高倍望远镜，还能看到蒋介石用柳体正楷写的“枕戈待旦”四个大字，这些景色，古迹，在两岸统一之前，是其他海滨旅游点、风景区所无法领略、观赏到的，这是黄岐旅游点三大特色之一，还有两大特色就是上菜馆吃海鲜、进市场购鱼货。客人在黄岐不仅能品尝到本地独特的海珍品，而且还能在集贸市场里购买到体现黄岐风味的鱼丸、鱼面等海产品，还能在台胞购物中心商店里购买到台湾生产的日常用品以及金门、马祖特酿的名酒------金门高、马祖高。
获得荣誉2020年6月29日，黄岐镇被列入福建省级乡村治理试点示范单位名单。
