苏州东吴足球俱乐部前身是2008年5月29日成立的苏州锦富新材足球俱乐部，最初是在苏州飞之翔体育文化传播有限公司的协助下成立，目的只是为丰富锦富新材料股份有限公司员工业余生活和促进企业文化，但是随着球队实力不断增强，球队逐渐成为苏州业余足球的一张名片。球员主要由公司部分员工和苏州地区部分优秀的业余球员构成。
苏州锦富新材足球俱乐部多次代表苏州参加加油中国冠军联赛，并获得2009年加油中国冠军联赛的冠军和2010年加油中国冠军联赛的亚军。
2012年，以河海大学为班底苏州锦富新材足球俱乐部代表江苏参中国足球协会业余联赛并获得全国总冠军，从而获得2013年中国足协杯正赛的资格，但是在首轮即被中乙球队大理锐龙足球俱乐部淘汰出局。
2014年，苏州锦富新材第二次参加中国足协杯正赛，先后淘汰中丙冠军大连台安老哥们、中甲球队北京八喜、中超球队辽宁宏运进入到第4轮，最后1:2被上海申鑫逆转止步第4轮。
2014年球队计划参加中国足球协会业余联赛大区赛，因未参加地方赛事，又是后期增补加入，遭到其他赛区集体抵制，未能如愿参赛。
2015年球队再次报名足协杯资格赛，并以小组第一晋级到足协杯正赛，但在第二轮点球被该年度中甲联赛冠军延边长白山淘汰，凭此获得“业余球队进步奖”。2015年，苏州东吴夺得中国足球协会业余联赛冠军，继而获得2016年中国足球协会乙级联赛的资格。
2015年更名苏州工业园区东吴足球俱乐部，11月7日宣布成立苏州东吴足球俱乐部，12月7日正式在工商部门注册成立“苏州东吴足球俱乐部有限公司”。2015年，苏州东吴夺得中国足球协会业余联赛冠军，继而获得2016年中国足球协会乙级联赛的资格。
2016年12月21日，创始人汪俊将俱乐部的99%股份转让予上海睿颍管理咨询有限公司。
2017年中国足协杯，东吴队接连淘汰四川安纳普尔那足球俱乐部、梅州客家、延边富德足球俱乐部闯入到第4轮，最后点球大战14比15（总比分15-16）被上海上港淘汰。
2020年5月23日，中国足协正式对外公布了2020赛季三级职业联赛俱乐部参赛名单，天津天海退出后，苏州东吴递补中甲。
2020年11月8日，在中甲第二阶段保级组第5轮比赛中，苏州东吴1-0战胜陕西大秦之水，成功完成保级。
2021年4月6日，德国转会市场网更新，前江苏队球员张凌峰加盟中甲苏州东吴。[7]
2021年4月12日，中甲苏州东吴足球俱乐部官方宣布，与张竟哲、金上等8人完成了续约工作。[8]
2021年4月15日，苏州东吴足球俱乐部官方宣布，球员邓宇彪、郭靖、杨朝辉、曹栋、黄磊租借加盟球队。[9]
2021年4月16日，苏州东吴足球俱乐部官方宣布，球队签下范晓冬、张诚、李晓明、王永鑫、夏锡成、郑昊坤、孙乐、李亚楠、孙佳政。[10]
2021年4月17日，苏州东吴官方宣布，球队与李浩文、艾菲尔丁·艾斯卡尔、石哲、张凌峰、李世洲、李嘉玮、千昌杰、海小锐、胡浩越9名球员正式签约。[11]
2022年4月，入选2022赛季中国足球协会甲级联赛准入名单。[13]
2022年6月，苏州东吴足球俱乐部官方宣布，球员吴雷、周鑫、开赛尔·阿迪力江、郭珈玮、余隆赟、门阳、于珈唯、刘浩、徐春庆、梁伟棚加盟球队。[14]
2022年12月18日，足协杯组委会通过官方渠道宣布，中甲苏州东吴队受客观因素影响，申请退出本赛季足协杯余下比赛。[15]
教练团队主教练任期汤波2012年-2017年1月1日内田一夫2017年1月1日-2018年12月31日刘俊威?2019年2月3日-2020年10月18日?盖瑞·怀特?2020年11月11日-获得荣誉年份赛事荣誉2008年加油中国2008梦幻欧洲杯苏州赛区亚军2009年2009年苏州“联盟杯”足球赛冠军2009年加油中国冠军联赛杭州赛区冠军2009年加油中国冠军联赛东部大区冠军2009年加油中国冠军联赛全国总决赛冠军