建筑
位于奎文阁后，专为保存封建皇帝御制石碑而建，习称“御碑亭”，南八北五，东西排列。形制大同小异，重檐歇山，黄琉璃瓦顶，平面呈方形，三间见方，明间开敞，稍间砌墙。亭内存唐、宋、金、元、明、清、民国石碑55块。其中金代碑亭2座，约建于金明昌二年至六年（1191年—1195年）的大修工程中，是孔庙现存最古老的建筑；元代碑亭2座，分别建于元大德六年（1320年）和元至元五年（1339年）；清代碑亭9座，其中御制碑亭5座，遣官致祭碑亭4座，分别建于康熙、雍正、乾隆年间。十三碑亭内碑文的内容均为历代帝王、大臣们修庙、祭庙、告庙之类的记录，极具史料价值。其中有蒙古文、满文与汉文对照碑，通过十三碑亭可窥见出历代帝王豪门的尊孔祭祀、孔庙修建沿革发展的历史。
在孔庙内1172块碑刻中，按其重量来说，最重的一块碑应数清康熙二十五年所立的康熙御制碑（位置在大成门前东侧），该碑重35吨，连同赑屃水盘共达65吨之重。此碑的石料采自于北京的西山，当时从北京将碑刻好后，沿京杭大运河从通州运往济宁，中间用了两个多月的时间。然后又从济宁运至曲阜，征用了民工600人，耕牛443头。济宁到曲阜90华里，趁冬季寒冷，在行进的道路上泼水使其结冰，巨大的碑身与石刻从冰上滑行前进。文献上讲每天走卧牛之地，这样90华里路行运了整整十五个昼夜，耗费库银600余两。
在此院内，除十三碑亭外，东南、西南两角的露天碑群，加上北面廊下的石刻，仿佛构成碑林。这些石碑均为历代帝王、大臣们修庙、祭庙、谒拜的内容。从书法上看，书体严谨，石石不同，风格笔法，各有千秋。另有几幢石碑从不同侧面记载了元末红巾军、明正德年间刘六、刘七，明末徐鸿儒等农民起义的情况，是研究中国农民战争史的珍贵的历史资料。
此院东、西各有一门，东为“毓粹门”，西为“观德门”，俗称东、西华门。始建于金代，供祭孔时出入方便而设，历代均重修。现存系明代建筑。
碑亭建造特点十三碑亭的建筑奇观“勾心斗角”
在十三碑亭院内出现了双檐穿插交错的拥挤现象。因此有人说这种建筑结构犬牙交错，两角相顶，巨檐相交，是古建筑学上所讲的“勾心斗角”。“勾心斗角”是碑亭建筑中的奇观，这种犬牙交错的建筑模式，也只有在孔庙十三碑亭的院落里才会出现。这种匠心独具的建筑美学，巧妙地解决了空间狭窄所造成的拥挤现象，不仅显示了古人高超的建筑技艺，更以一种文化现象留给后人不尽的思索。各亭石碑多以似龟非龟的动物为趺，名曰贔屃（bi,xi)，据说是龙的儿子。传说龙生9子，各有所能，贔屃擅长负重，故用以驮碑。十三碑亭中最早的是两幢唐碑，一幢是立于唐高宗总章元年（公元668年）的“大唐赠泰师鲁先圣孔宣尼碑”，一幢是立于唐玄宗开元七年（公元719年）的“鲁孔夫子庙碑”，皆位于南排开东起第六座金代碑亭中。最大的一幢石碑是清康熙二十五年（公元1686年）所立，位于北排东起第三座碑亭内。这块碑约重35吨，加上碑下的贔屃，水盘，约重65吨。这块石采自北京的西山，在当时的技术条件下，能将此碑安然运抵千里之外的曲阜，不能不使人惊叹。当时从北京将碑刻好，然后沿京杭大运河从通州运往济宁，中间用了两个多月的时间。然后又从济宁运往曲阜，济宁到曲阜 90华里，征用了民工600人，耕牛443头，趁冬季寒冷，地上泼水结冰，碑从冰上滑行，文献上讲每天走卧牛之地，这样90华里路运了整整十五个昼夜，耗费库银600余两。
石碑
艺术历史价值此院的东南、西南部，各有一片丛林似的碑碣。北墙朱栏内还镶着大量刻石均为历代帝王大臣们修庙、谒庙、祭庙后所刻。如从书法艺术上来看，真草隶篆，各有千秋。另有几座石碑从侧面记载了元末红巾军、明代中期刘六、刘七、明末徐鸿儒等农民起义的情况，是研究农民革命历史难得的珍贵史料。
古树
十三碑亭院两侧，东建毓粹门，西建观德门，供人出入，人们依照皇宫之名，称为东、西华门。这是孔庙的第三道偏门。