细菌中含有3种rRNA序列,分别为23S、16S和5S,其中16 Sr rna由于其核苷酸数目适中信息量大、具有高度稳定性、易于提取和分析,是细菌系统分类学研究中最常用的分子钟。16SrDNA是编码原核生物核糖体小亚基rRNA(16 Sr rna)的DNA序列,长度约为1540bp,存在于所有细菌染色体基因组中。16 Sr dna分子序列中包含9个可变和10个恒定区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变异序列区域则能体现物种间的差异。通过PCR扩增16 Sr dna并进行测序,将测序得到的16 Sr DNA序列在NCBI网站进行 BLAST比对,即可获知与该序列同源性较高的已知序列,为菌株的分类提供依据。
特性功能原核生物的rRNA含有3种类型：23S、16S、5SrRNA，它们分别含有2,900、1540和120个核苷酸，23S核苷酸含量过多，几乎是16S核苷酸含量的两倍，分析困难；而5S核苷酸又太少，没有足够的遗传信息，只有16S长度适中信息量较大且易分析。
在细菌的16SrDNA中有多个区段保守性，根据这些保守区可以设计出细菌通用物，可以扩增出所有细菌的16SrDNA片段，并且这些引物仅对细菌是特异性的，也就是说这些引物不会与非细菌的DNA互补，而细菌的16SrDNA可变区的差异可以用来区分不同的菌。因此，16SrDNA可以作为细菌群落结构分析最常用的系统进化标记分子。随着核酸测序技术的发展，越来越多的微生物的16SrDNA序列被测定并收入国际基因数据库中，这样用16SrDNA作目的序列进行微生物群落结构分析更为快捷方。
相似物质区别16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。rDNA和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（rRNA）分子的对应的DNA序列，也就是编码16S rRNA的基因。rRNA指的是rDNA的转录产物，它是构成核糖体的重要成分，核糖体由许多小的rRNA分子组装而成，16S rRNA是其中一个组件.一般所分析的对象都是16srDNA，因为DNA提取容易，也比较稳定。
鉴定方法实验鉴定随着生物技术的飞速发展，传统的微生物鉴定方法常常难以鉴定众多的生长习性复杂的微生物，因而基于基因组序列的分子鉴定受到广泛关注。在细菌基因组中，编码 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的进化保守性，适宜分析的长度（约为1540bp），以及与进化距离相匹配的良好变异性，所以成为细菌分子鉴定的标准标识序列。16S rDNA的序列包含9或10个可变区（variable region）和11个恒定区（constant region）。保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，而高变序列区域则能体现物种间的差异。16S rDNA分子的序列特征为不同分类级别的近缘种系统分类奠定了分子生物学基础。目前16SrDNA的序列信息已经广泛应用于菌种鉴定和系统发生学研究。
16SrDNA
数据分析初始数据层面：质量统计，序列长度及分布统计，数据预处理，有效序列统计。
OTU层面：OTU分类学统计，Alpha多样性分析，稀疏性曲线，Shannon-Wiene曲线，Rank abundance曲线。
物种丰度层面：物种分类注释，Beta多样性分析，样本间OTU差异分布分析，OTU丰度分布聚类分析，主成分分析，显着性差异分析，样本组间差异分析。
群落结构层面：多样本物种分布比较，群落相似度比较，群落相似度PCoA分析，基于组间进化的差异显着性(Un)Weighted Unifrac分析，RDA/CCA菌群与环境因子之间的关系分析，系统发育树的构建，含种类分级的进化树的构建。
16SrDNA
