惨遭杀害
甲午战争以清朝失败告终，清朝在高宗三十二年(1895年)4月签订的《马关条约》中被迫放弃了对朝鲜的宗主权，承认朝鲜独立。接着，发生了俄国联合法国、德国迫使日本归还辽东半岛于中国的“三国干涉还辽”事件。闵妃见俄罗斯在“三国干涉还辽”中压制了日本，便倒向俄国一方，企图将俄国势力引入朝鲜与日本对抗。闵妃成功利用了贞洞俱乐部等组织扩大了俄国及其他西方国家在朝鲜的势力，对日本进一步构成威胁。美国顾问李仙得(Legendre)更是向闵妃献计四条，称：一、王妃和闵氏是一家，闵氏和日本将来是势不两立的。二、日朝两国虽称为邻邦，然其间隔大海，故不如朝俄两国间接壤，是以由地形上观之，俄国实比较日本可亲。三、俄国是世界最强国，日本不足与较。此不必广引力证，即就今春归还辽东半岛一事，便可确证其为事实。四、俄国决不妨害朝鲜的独立，又不好干涉内政，故若依赖俄国而得其保护，则极安全而可专行君权如旧。闵妃遂更加亲俄排日，她常对左右说：“日本人和闵氏势不两立，就是丢失若干土地给其他国家，也要报日本这个仇。俄罗斯是世界的强国，日本不能相比，而且有保护君权的条件，可以依赖。”在闵妃与俄国迅速联结的情况下，朴泳孝与闵妃的矛盾亦愈发凸显，日本也终于察觉出了闵妃的野望。高宗三十二年(1895年)闰五月，内部大臣朴泳孝谋杀闵妃，事泄后闵妃发动宫廷政变，解散了亲日内阁，迫使朴泳孝亡命日本(一说此谋出于闵妃的诬陷)。至此，贞洞派正式上台，闵妃第三次掌握政权。
随着闵妃赶走朴泳孝，日本眼看自甲午六月以来苦心扶植的亲日政权垮塌，自然很不甘心，但起初日本并不想杀死闵妃。在朴泳孝亡命之前，日本驻朝公使井上馨回本国，接着便发生了朴泳孝谋逆事件，当时朝鲜盛传井上馨将会带3000大军来韩，向闵妃质问朴泳孝事件，但井上馨归国后并未气势汹汹，反而以怀柔政策对待闵妃。闵妃似乎也缓和了对日本的态度，在接见井上馨时一直回顾当年她主张同日本建交、签订《江华条约》过程中穿针引线的作用，并说道：“尽管历史上大院君常常采取锁国主义，但闵氏始终主张开国论，以保护日韩两国的和睦，闵氏对日本实际是有恩有德。然而日本不顾这些历史，仇视闵氏，反而援助锁国主义的大院君，是违背情理的。每每夜里思及此事便不禁要流泪，实在是无情无义啊。”井上馨听了之后据说“感动得几乎落下泪来”。井上为了怀柔闵妃，同意删除《洪范十四条》中禁止后宫干政的内容，甚至打算赠与300万日元给朝鲜王室，作为政治献金。但是闵妃嘴上这么说，内心里却不买日本的账，她将井上的怀柔视为软弱，尤其是日本的所谓300万元寄赠金计划成了空头支票，使闵妃在亲俄排日的道路上越走越远。她一方面赦免被治罪的闵泳骏等外戚，使他们逐渐恢复官职，另一方面则变本加厉地排斥亲日派，使朝鲜国内的亲日派人人自危。在闵妃掌权、不断亲俄排日的背景下，军人出身的三浦梧楼代替井上馨出任日本驻朝公使，对闵妃也就开始采取强硬政策。
闵妃惨遭日本杀害
三浦梧楼一到朝鲜后，就与在朝鲜的日本人密谋杀死闵妃。当时，闵妃计划解散由日本人训练的朝鲜部队——训练队，训练队向三浦梧楼求援，这成为日本杀害闵妃的导火线。日本人做好了杀害闵妃的准备，他们先收买了以亲日分子禹范善等率领的的训练队，让他们作为前锋入宫，又挟持了大院君(一说是大院君主动合作)，以造成大院君和训练队发动政变的假象。高宗三十二年(1895年，农历乙未年)八月二十日(10月8日)凌晨，在日本驻朝公使三浦梧楼的策划下，日本陆军中佐楠濑幸彦、公使馆武官冈本柳之助等率领数十名日本浪人、400多名日军守备队和800名朝鲜训练队冲进景福宫，遭遇闵妃亲信洪启薰指挥的朝鲜侍卫队的顽强反抗。但侍卫队只有200人，且没有配发到新式武器，故很快被日军击败，洪启薰战死。早些时候高宗和闵妃本来在一起，后来闵妃听信了被日本收买的近臣郑秉夏的话，以为宫中无事，便回她的寝殿坤宁阁就寝，临别前告诉她的夫君说：“愿毋忘宗祀之重。”谁知这竟成永别。
攻占景福宫的日本人一路闯入高宗和闵妃的居所乾清宫，他们闯入长安堂，挟持高宗，逼迫他在事先拟好的《王后废位诏敕》上签字，被高宗拒绝;一路则由安达谦藏、冈本柳之助率领，攻进闵妃的住所坤宁阁，四处搜寻闵妃。日本专门派浪人负责杀害闵妃，目的就是避免政府参与。日本浪人在搜寻闵妃的过程中杀死了不少宫女和宦官，甚至杀死了前来劝阻的宫内府大臣李耕稙。闵妃仓促间化装成宫女躲起来。很快，一名叫中村楯雄的日本浪人在坤宁阁的内室里发现了躲藏的闵妃。他凶狠地扯着闵妃的头发，将她拖出来，顺手就是一刀，闵妃试图反抗，逃到院子里，另一名浪人藤胜显又一刀砍下去，闵妃倒在血泊之中，嘴里喃喃喊着她儿子的名字。暴徒们将奄奄一息的闵妃放在木板上，让宫女来确认。证实闵妃的身份后他们就轮奸闵妃，并最终将她乱刀砍死。历史上将这次事件称为“乙未事变”。根据日本作家角田房子所著《明成皇后——最后的黎明》记载：明成皇后被杀事件是史上少有的残忍、野蛮事件，暴徒们高喊着“闵妃在哪里”冲进宫中，在一群被吓呆的宫中女官中，他们选出两名美貌者残忍杀害，其中一人在太阳穴处留有出过天花的痕迹，他们认出就是闵妃。杀人者中的一人后来承认那是非常残暴的行为，杀害明成皇后之后又对她的尸体施以了用言语无法形容的暴行。
为了销毁罪证，日本人杀害了闵妃以后，还在当天清晨将她的尸体在景福宫东侧鹿园的松林中浇上汽油焚烧，并把骨灰丢进了池塘里。因此现在闵妃的陵墓内没有她的遗体，而是残存的一点骨灰和生前所用的衣履而已。
死后哀荣
杀害闵妃后，日本罢免了朴定阳、李范晋等亲西方大臣，扶植金弘集第三次组建亲日内阁。接着，高宗在日本的胁迫下，于乙未事变两天之后(八月二十二日)颁布了《王后废位诏敕》，声称闵妃解散了训练队，导致训练队哗变，闵妃“蹈袭壬午往事”而逃之夭夭，因此“不但不称于后德，其罪恶贯盈，不可承先王宗庙”，于是宣布将闵妃废为庶人。诏敕中的内容完全是日本人精心编造的故事。
虽然日本人极力将乙未事变掩饰成朝鲜内部的政变，是大院君雇佣日本浪人杀害闵妃，与日本政府无关;谁料日军行动的全过程被两个西洋人目击，一个是当时在宫中的美国军事教官，另一个是俄罗斯技师。两人向外通报了事件，在汉城的各国公使强烈抗议日本的行为。日本政府在面临国际舆论谴责的情况下，不得不有所退让，被迫指示亲日政权将一直隐瞒的闵妃死讯公诸于众，并在当年十月十日将闵妃复位，十五日公布了闵妃已死的消息，追谥为“纯敬王后”，同时审判几个乙未事变的朝鲜人参与者，以缓和朝鲜国内外的舆论压力;一面慌忙把包括三浦梧楼公使在内的56名凶手“逮捕”，但只是做了个形式上的审判，凶手们被判无罪。日本国民还把他们当成凯旋的将军来迎接，日本人的残忍和虚伪可见一斑。
明成皇后的葬礼乙未事变的真相被公布以后，极大地伤害朝鲜人民的民族感情，纵使日本人和亲日内阁做再多收买人心、缓和舆论的工作，也无济于事了。接着，金弘集内阁又发布了断发令，压抑已久的朝鲜人终于掀起了反日的怒潮。他们高呼“为国母报仇”，纷纷起兵反抗，史称“乙未义兵”(即第一次义兵运动)。建阳元年(1896年)2月11日，高宗乘妇女的轿子，逃离被日本人控制的宫廷，来到俄国公使馆避难，史称“俄馆播迁”。“俄馆播迁”后，高宗下令诛杀亲日内阁大臣，金弘集、郑秉夏、鱼允中先后被愤怒的民众所杀，其余亲日分子逃跑，日本在朝鲜的扩张亦得到一定遏制，算是为闵妃报了一点血海深仇。
高宗下令将闵妃复位，废除了亲日内阁为闵妃取的谥号“纯敬”，并于建阳二年(1897年)1月定谥号为“文成王后”，3月又改为“明成王后”，取谥法中“照临四方曰明”、“礼乐明具曰成”。光武元年(1897年)10月12日，高宗称皇帝，建国号为“大韩帝国”。闵妃也被追封为皇后，史称“明成皇后”，1921年加谥“孝慈元圣正化合天洪功诚德齐徽烈穆明成太皇后”。高宗还在光武元年(1897年)11月21日为她举行了盛大的国葬，为其修建了规模宏大的洪陵以厚葬之。为此高宗曾专门派人到中国南京查看明孝陵，企图以明太祖孝慈高皇后马氏的陵寝规制来营建洪陵，史载洪陵“前后糜费巨亿，为国朝山陵之冠”。高宗非常思念明成皇后，“语及辄汪然泪落，见奁匜之属，叹嗟摩挲，不忍去手。……每朔望，必亲撰文以祭，人比之恭愍王之哭元公主。”此后尽管有纯献皇贵妃受宠，然而高宗再也没立过皇后。
